学会組織構成
| 理事長 | 理事の中から理事会において定める |
| 副理事長 | 定数2名以内 理事の中から理事会において定める |
| 理事 | 定数10名以上15名以下 4年毎の役員選挙と社員総会の決議によって選任する |
| 監事 | 定数2名 4年毎の役員選挙と社員総会の決議によって選任する |
| 評議員（社員） | 一般社団法人 日本組織適合性学会 評議員選出規程により選出する |
| 委員会 | 組織適合性技術者認定制度委員会（認定制度委員会） 精度管理委員会 編集広報委員会 将来構想委員会 教育委員会 学会賞選考委員会 学術奨励賞選考委員会 倫理委員会 選挙管理等委員会 国際交流委員会 利益相反管理委員会 事務局運営委員会 |
| 名誉会員 | 国内名誉会員：3名 海外名誉会員：0名 |
| 賛助会員 | ９社（順不同・敬称略） 株式会社ビー・エム・エル（BML） 公益財団法人HLA研究所 株式会社医科学研究所（MBL） 株式会社エスアールエル（SRL） 株式会社ベリタス（VERITAS） 株式会社LSIメディエンス 湧永製薬株式会社 株式会社イムコア 株式会社リプロセル |